Nhìn nhận rõ vai trò quan trọng của sản xuất nông nghiệp, ngay sau khi hòa bình lập lại năm 1954 và nhất là sau năm 1975 khi đất nước hoàn toàn thống nhất, Đảng và Nhà nước ta tập trung chỉ đạo điều tra để nắm vững các nguồn tin tài nguyên nông nghiệp như đất đai, nguồn nước, tài nguyên rừng; tiến hành phân vùng nông nghiệp trên phạm vi cả nước; quy hoạch phát triển các vùng cây, con hàng hóa, các nông trường, trạm trại tạo bước tiến nhanh, vững chắc cho ngành nông nghiệp. Trong suốt 50 năm qua (từ năm 1961 – 2011) ứng với mỗi giai đoạn phát triển của đất nước thì ngành quy hoạch nông nghiệp đã có những nhiệm vụ trọng tâm khác nhau đóng góp cho sự phát triển chung của ngành nông nghiệp cả nước.

Ngày 29 tháng 9 năm 1961, Cục Quy hoạch được thành lập với nhiệm vụ chủ yếu là khảo sát xây dựng dự án quy hoạch các nông trường quốc doanh (kể cả đo đạc bản đồ địa hình tỷ lệ lớn và khảo sát lập bản đồ đất cho các nông trường).

Năm 1970, Bộ Nông trường hợp nhất với Bộ Nông nghiệp thành Ủy ban Nông nghiệp Trung ương. Cục Quy hoạch, Bộ Nông trường được đổi tên thành Ban Phân vùng Quy hoạch nông nghiệp, trực thuộc Ủy ban Nông nghiệp Trung ương với nhiệm vụ mở rộng hơn.

Năm 1973, Ban Phân vùng Quy hoạch nông nghiệp đổi tên thành Cục Điều tra khảo sát và Quy hoạch nông nghiệp (có một bộ phận làm công tác phân vùng) thuộc Bộ Nông nghiệp với chức năng điều tra, quy hoạch và tham gia quản lý nhà nước trong lĩnh vực này.

Từ tháng 3 năm 1977, Hội đồng Chính phủ ra Quyết định số 52/CP thành lập Viện Quy hoạch và Thiết kế nông nghiệp trên cơ sở Cục Điều tra khảo sát và Quy hoạch nông nghiệp.

Các hoạt động của Viện tập trung vào các lĩnh vực sau đây:

-Nghiên cứu nội dung, phương pháp, nghiệp vụ về đo đạc, in vẽ bản đồ chuyên dùng trong nông nghiệp; khảo sát lập bản đồ đất tỷ lệ lớn và trung bình; nghiên cứu nội dung, phương pháp phân vùng, quy hoạch nông nghiệp.

-Tham gia chủ trì nghiên cứu đánh giá tài nguyên đất của cả nước, dự tính dự báo kinh tế nông nghiệp, nghiên cứu cơ cấu kinh tế vùng, kinh tế kỹ thuật cây, con làm cơ sở để phân vùng quy hoạch nông nghiệp.

-Trực tiếp làm mẫu, làm điểm các dự án phân vùng và quy hoạch; quản lý lưu trữ, phát hành những tư liệu, tài liệu về phân vùng quy hoạch nông nghiệp; đào tạo bồi dưỡng lực lượng cho Viện và cho ngành; hợp rác nghiên cứu với các cơ quan trong nước và các tổ chức nước ngoài.

Đến nay, ngoài chức năng, nhiệm vụ nêu trên, Viện Quy hoạch và Thiết kế nông nghiệp được giao thêm một số nhiệm vụ mới như xây dựng các tổng quan và định hướng phát triển nông nghiệp – nông thôn, quy hoạch xây dựng nông thôn mới, mở rộng phạm vi đánh giá tài nguyên, môi trường (bao gồm cả đất, nước, khí hậu, sinh vật, nhân lực). Đồng thời với việc nghiên cứu cơ bản, chú trọng đến công tác chuyển giao tiến bộ kỹ thuật, chỉ đạo xây dựng phát triển mô hình.

Về tổ chức lực lượng đảm bảo cho công tác chuyên môn: Khi mới thành lập năm 1961 với phần lớn cán b là bộ đội chuyển ngành thì nay theo thống kê số lượng cán bộ khoa học của Viện đầu năm 2011 có: 01 phó giáo sư, 19 tiến sỹ chuyên ngành, 56 thạc sỹ, 364 cán bộ đại học thuộc nhiều chuyên ngành, số còn lại là cán bộ trung học và công nhân kỹ thuật với tổng số cán bộ nhân viên 550 người, có 2 Phân viện quy hoạch đóng ở phía Nam, 2 Trung tâm quy hoạch và Phát triển nông thôn, 2 Xí nghiệp đo đạc và hàng chục các trung tâm, phòng ban trực thuộc thường xuyên được trau dồi chuyên môn nghiệp vụ, đáp ứng công tác quy hoạch nông nghiệp và xây dựng nông thôn mới.

Về cơ sở vật cht kỹ thuật: Từ khi thành lập tới nay Viện luôn tăng cường, đổi mới trang thiết bị tiên tiến để đánh giá tài nguyên đất, đo đạc bản đồ, thiết bị phục vụ khảo sát quy hoạch, phân tích đất và môi trường như: sử dụng hệ thống thông tin địa lý (GIS), trạm thu phát ảnh vệ tinh, máy chủ (server) được kết nối hệ thống hiện đại, thiết bị mạng, phần mềm hệ thống; có 02 phòng Phân tích đất đạt tiêu chuẩn quốc gia và quốc tế với các loại máy so màu quang điện, máy quang kế ngọn lửa, máy quang phổ hấp thụ nguyên tử; có hệ thống thiết bị đo vẽ bản đồ điện tử quang học gồm: máy toàn đạc điện tử (30 máy), máy kinh vỹ quang học (30 máy), máy thủy chuẩn đảm bảo năng lực đo trên diện tích lớn các loại tỷ lệ bản đồ; có các thiết bị điều tra thổ nhưỡng gồm máy đo độ ẩm ngoài đồng, máy đo độ chặt (của đất) ngoài đồng, máy định vị cầm tay, ứng dụng phương pháp đánh giá đất của FAO,… phục vụ ngày càng tốt hơn cho công tác chuyên môn hoặc lưu trữ các tài liệu và dữ liệu cần thiết.

Về hợp tác quốc tế: từ khi đổi mới, Viện đã hợp tác với Chương trình phát triển của Liên Hợp Quốc (UNDP) thực hiện dự án “Tăng cường Viện Quy hoạch và Thiết kế nông nghiệp – VIE 86/024” trong 5 năm 1986 – 1991. Chỉ tính từ năm 2000 đến nay đã có hàng trăm lượt cán bộ của Viện đi học tập và đào tạo ở nước ngoài. Viện đã tích cực hợp tác với các nước như Cộng hòa DCND Lào, Cam Pu Chia, Nhật Bản, Hà Lan, Hàn Quốc, Bỉ, Tây Ban Nha… để xây dựng các dự án phân vùng, quy hoạch phát triển nông nghiệp, phát triển nông thôn, dự án đa mục tiêu trong nông nghiệp… Các dự án quốc tế đã giúp cho cán bộ của Viện và một số địa phương nơi thực hiện dự án trong công tác đào tạo cán bộ chuyên môn, tăng cường trang thiết bị, tăng thu nhập cho người dân trong vùng dự án.